Enquanto os guerreiros lutavam em Outworld, durante os eventos de Mortal Kombat II, o Imperador Shao Kahn coloca em prática sua última alternativa de conquistar a Terra a qualquer preço: ressuscitar a rainha Sindel que se suicidou. Sabendo que a Terra estava desprotegida e que Raiden não poderia interferir, pois subiu ao status de deus Ancião, Kahn dá ordens às tropas de extermínio invadirem a Terra matando milhares de pessoas. Poucos foram poupados, tendo Raiden como protetor de suas almas. Mesmo tendo sido derrotado por Liu Kang na Torre Negra, Kahn abriu os portais para reclamar por sua esposa no deserto. Com a ajuda de Quan Chi e sua feitiçaria, Sindel reencarnou possuída por um espírito maligno. Parte da Terra já estava imergida em Outworld quando os guerreiros se deram conta que, desta vez, não haviam regras e que o Mortal Kombat aconteceria nas ruas de qualquer cidade ou nos calabouços de Outworld. Para ajudar os guerreiros, Liu Kang contou com a ajuda do policial da FBI, Kurtis Stryker e do índio xamã Nightwolf. Do lado de Kahn, Motaro e Sheeva, centaurian e shokan, estavam incumbidos de liderar as tropas. Agora, cada guerreiro tinha a livre escolha de proteger a Terra ou concluir suas intenções, como a busca de Sonya por Kano - por este ter matado seu irmão Daniel Blade - e a automação dos ninjas Lin Kuei, Cyrax, Sektor, Smoke e o fugitivo Sub-Zero. Vencer Kahn e impedir a tomada da Terra à força, era a missão de Liu Kang e seus aliados.
